牛羊养殖过程中一定要做好卫生防疫工作，可以在较大程度上降低各类疫病的发生，保证牛羊的健康及正常生长。
1、粪污及时清理。圈舍内的粪污应及时清理干净，这是最基本的工作，不可长时间在圈舍内堆积存放，不然会滋生大量细菌、蚊虫及增加圈舍湿度，粪污清理后应送到离养殖场较远的地方进行集中堆积发酵处理。
2、加强开窗通风。潮湿的环境更容易滋生致病菌，而且还会让牛感觉不舒服直接影响采食、休息和生长，因此必须加强开窗通风，以更换新鲜空气降低圈舍内的湿度和有毒有害气体的含量，门窗形成空气对流通风效果才好，必要时可以安装排风扇加强通风。
3、做好消毒工作。进出车辆、人员一律要进行严格消毒，避免致病菌的带入。养殖环境要定期进行消毒，饲槽、水槽则要定期进行刷洗和消毒，此外消毒药需要定期进行更换，以免致病菌对消毒药产生耐药性。
4、消灭蚊蝇鼠虫。蚊蝇、老鼠及蟑螂等也是传播疫病的关键，一定要消灭它们才可以。对于蚊蝇可以在门窗安装纱窗网，傍晚喷洒辛硫磷、敌百虫等药物，圈舍内部使用粘蝇纸、灭蚊灯及蝇香等产品进行综合防治。老鼠则可以下老鼠药、鼠夹子、捕鼠笼等，不过要注意老鼠药、鼠夹子一定要放在牛羊接触不到的地方，以免对牛羊造成误伤。至于蟑螂则可以用蟑螂药下在墙缝及潮湿的角落。
5、制定防疫计划。根据当地疫病流行情况下制定科学有效的防疫计划，例如牛需要免疫口蹄疫、牛传染性胸膜肺炎及牛巴氏杆菌病等，羊则需要免疫羊三联四防、羊痘、羊口疮、口蹄疫、山羊传染性胸膜肺炎及小反刍兽疫等。此外每年还应对牛羊驱虫2~4次，以预防和治疗各类寄生虫病。
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